Vähähiilihydraattisten ruokavalioiden pitkäaikaisvaikutuksia koskevat riidat eivät lakkaa tiedeyhteisöstä. Jos otamme huomioon nopean painonpudotuksen lyhyessä ajassa, tällaiset ruokavaliot ovat varsin tehokkaita. Mutta jotkut tutkijat epäilevät tällaisen ruokavalion ravintoarvoa. Asiantuntijoiden on jopa vaikea sanoa, mihin seurauksiin tällainen ruokavalion koostumus voi johtaa.
Etelä-Australian yliopiston terveystieteiden professori John Buckley on vakuuttunut siitä, että ennen tietyn ruokavalion neuvojen antamista on ymmärrettävä tällaisen valinnan vaikutukset. Matalahiilihydraattisista ruokavalioista hän toteaa: hiilihydraattien saannin vähentäminen voi johtaa korkeampaan “huonojen kolesterolien” tasoon. Siksi sydän- ja verisuoni-ongelmat.
Olisi tunnustettava, että "pahan kolesterolin" taso onneksi laskee jonkin ajan kuluttua. Mutta menetetty paino ei pysy saavutetulla tasolla. Yleensä kilot saadaan ja melko nopeasti.
Vielä vakavampi on mahdollisuus pitkäaikaisiin mielialaan liittyviin ongelmiin, kuten masennukseen. Lisäksi kieltäytymällä hiilihydraateista (ja niiden lähteenä on niin hyödyllisiä kasvisruoita kuin täysjyvätuotteet, vihannekset ja hedelmät), henkilö menettää tarvittavat ravintoaineet ja antioksidantit, joilla on myönteisiä vaikutuksia sydämeen ja verisuoniin. Kuitua, kalsiumia ja foolihappoa ei myöskään ole saatavana oikeina määrinä.
